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目前，有很多软件可以解决分子生物学研究人员从立项到最后写论文的实际问题。但由于软件的数目太多，而且各个软件开发环境、运行平台和操作方法都各不相同——即使功能的某些方面是相似的；这就给使用者造成了许多的不便。因而推荐一些最实用软件给从事生物研究的工作人员。
一、 实验准备阶段。
这时一般要查一些与实验相关的文献,以便对自己所要做的课题的最新的进展有一个基本的了解，从而确定自己的实验策略。建议使用软件：Reference Manager 11,功能强大兼容Word2003，可在线查找，能自动插入Word,并自动生成所定格式的参考文献，一劳永逸。
二、 实验实施阶段。
随着实验的进行，就必须对实验过程中的DNA、RNA和蛋白质的信息进行各种处理，包括限制酶分析、引物设计、同源序列比较、质粒作图、结构域(motif)查找、RNA二级结构预测、蛋白二级结构分析、三维结构显示等方面的内容。
1、 综合软件 建议软件：Omiga 2.0
实际上，大部分对核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。另外，该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析，对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。
同类软件：DNASIS 2.5 DNATools 5.1
2、 限制酶切位点分析 这是分子生物学研究过程中最基本的操作，虽然可以通过文本编辑软件来查找，但过程烦琐（特别是序列长而分析的酶切位点多时）。通过专门的限制酶分析软件，不但方便，不易出错；而且输出的格式多样，满足用户的各种要求。建议软件：DNAssist 1.0
同类软件：Primer Premier 5.0 DNAClub
3、 引物设计 优秀的引物设计软件能从模板序列中按用户的要求挑选出一系列引物序列，同时把这些序列的所有特性（包括分子量、Tm值、二级结构、上下有引物间的错配、3’端的稳定性及GC含量等等）分析出来。当然，这里的引物包括PCR引物、测序引物和探针。推荐软件：Primer Premier 5.0
同类软件：DNAClub Primer 5.0
4、 序列的同源比较（Alignment）具有这一功能的软件或软件包很多，但功能全面，界面友好，同时输出结果美观实用的不多。建议软件: GeneDoc 3.2
GeneDoc能用用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性，输出的格式一目了然，而且可以报告为进化树的格式。选择项多，可以达到所需的要求。功能多又强，但要完全掌握，并不是很轻松的事。
同类软件：MACAW 2.05 Clustal X
5、 质粒绘图 就象限制酶切位点分析一样，也是最常用的功能。好的质粒绘图软件首先能对对已知序列自动作图；如果是未知序列，但根据用户已知的质粒信息也能绘出漂亮的图谱来。建议软件：Gene Construction Kit 2.0
Gene Construction Kit 2.0这一个非常好的质粒构建软件包。与大多数分析的软件不同，它制作并显示克隆策略中的分子构建过程；包括质粒构建，模拟电泳条带；当然还可以质粒作图（有无序列均可）。
同类软件：Winplas 2.6 Plasmid Premier2.02
6、 结构域（motif）查找。 建议软件：Primer Premier 5.0
Primer Premier 5.0的结构域查找功能与它的引物设计一样强，结果能以图形、表格、序列三种方式输出。同时还提供了一些未知的结构域的列表；当然软件本身也提供了大量的已知结构域的序列。
7、 RNA二级结构预测 二级结构分析和预测的软件很多，但绝大部分都只能在Mac和Unix下使用，在Windows平台下的很少。 建议软件：RNAdraw 1.1b2
同类软件：RNAStructure 3.5
8、 蛋白二级结构分析 推荐软件：Antheprot 4.5
软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测。更重要的是该软件能够提供蛋白序列的一些二级结构信息，使用户有可能模拟出未知蛋白的高级结构。
9、 三维结构显示 通过各种方法计算出来的各种三维结构的数据，只要在三维结构浏览软件的帮助下，才能显示出来；从而使用户形象地看到生物大分子的三维立体结构。推荐软件：RasMol 2.7.1
RasMol 2.7通过RasMol 2.7以各种模式、各种角度，甚至按照自己的意愿旋转着，观察此分子神秘的微观三维立体结构，进而了解化合物分子结构和各种微观性质与宏观性质之间的定量关系。
参考软件：Cn3D
10、 格式转换 各种软件为了自己软件的需要有不同的格式，对我们使用数据带来了困难；格式转换软件能帮助用户解决这一问题。推荐软件：Seqverter 1.3
Seqverter 1.3使用简单，填写输入文件和输出文件名就可以完成格式转换。而且能够转换的格式非常之多是其它软件所无法比拟的。另外，它可在线升级以读写更多格式文件。
参考软件：Visual Sequence Editor 1.1
11、 电泳图谱分析 建议软件：band leader 3.0
提供处理DNA或蛋白分子凝胶电泳图象和从凝胶电泳图象获得相关数据的工具。它可以对电泳图谱进行半定量分析，识别扫描得到的WINDOWS图象格式 .BMP，是一个难得的好软件。
三、 实验结果输出阶段
1、 生成出版质量的图片 论文发表时，一般分子结构图的质量要求较高，如果直接从RasMol等软件中抓取图片，往往都不够精美。 建议软件：Pov-Ray for Windows 3.1
同类软件：molmol 2.5.1
2、向数据库递交序列 推荐软件：Sequin 2.90
Sequin 2.90能向GenBank、EMBL、DDBJ三大核酸序列库递交序列。可以不用仔细考虑各数据库文件的具体格式，以问答填表格的形式，将需递交的序列和相关资料填好。可以在线直接发送，也可以生成相应格式文件，以e-mail形式发送。
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农药安全基础知识